Вопрос такого плана.

Из роутера выходит 50 Vlan с 1000 по 1049, все это идет на DGS 3420-28SC
далее на 3028.

с роутера все vlan идет на 24 порт 3420, с 1 порта 3420 vlan1001 идет на
25 порт 3028.
Когда снимаю данные снифером с 1 порта 3028 все vlan скомканы.

есть еще vlan 630 проходит только по коммутаторам, не заходи на роутеры, а
в нем тоже есть трафик из других vlan

Как vlan630 очистить от другого трафика?

все vlan скомканы - что под этим подразумеваете ?
если не видете тега влана при захвате пакетов - виндовый драйвер сетевухи снимает влан теги до pcap
используйте линуксовую машину для захвата траффика