Добрый день, подскажите можно ли сделать так, чтобы часть коммутаторов в кольце не участвовала в выборе рута т.е. не рассылала bpdu со своим Bridge ID?

Повысьте их приоритет, и они никогда не станут корневыми.
Если вы хотите полностью выключить рассылку bpdu вам необходимо отключить stp.

проблема в том что, коммутаторы с самым низким приоритетом, периодически начинают считать самих себя рутами:
2012/09/05 09:17:23 New Root bridge selected (Instance:0, MAC:64-D9-89-E1-FA-00, Priority:4096)
2012/09/05 09:17:22 New Root bridge selected (Instance:0, MAC:00-1B-11-AF-D0-1D, Priority:32768)
2012/09/05 08:59:42 New Root bridge selected (Instance:0, MAC:64-D9-89-E1-FA-00, Priority:4096)
2012/09/05 08:59:41 New Root bridge selected (Instance:0, MAC:00-1B-11-AF-D0-1D, Priority:32768)
при этом идет потеря трафика, в логах соседних коммутаторов чисто, линки не падают, cpu в норме
Отключал им STP, оставлял fbpdu - время схождения сильно возрастает порядка 20с.

Извините, немного ошибся.
Я имел ввиду, измените их приоритет так, чтобы они не стали корневыми. Назначьте корневому приоритет 0 или 4096 а остальным оставьте дефолтный.

именно так и настроено:
MAC:64-D9-89-E1-FA-00, Priority:4096 - корневой
MAC:00-1B-11-AF-D0-1D, Priority:32768 - все остальные (со своими маками) в определенный момент начинают считать себя рутами, и через секунду возвращаются в норму.

Сколько коммутаторов в кольце? Какие модели и версии прошивок?

7 штук DES-3526 Firmware: Build 5.01.B68
типовой конфиг stp
# STP
enable stp
config stp version rstp
config stp hellotime 2
config stp priority 32768 instance_id 0
config stp maxage 20 maxhops 22 forwarddelay 15 txholdcount 3 fbpdu enable
config stp ports 1-24 fbpdu disable
config stp ports 1-24 restricted_role true
config stp ports 1-24 restricted_tcn true
config stp ports 25-26 fbpdu enable
config stp ports 25-26 restricted_role false
config stp ports 25-26 restricted_tcn false
config stp ports 1-24 externalCost 200000000 edge true p2p false state disable
config stp ports 25-26 externalCost 20 edge false p2p true state enable
меняется только приоритет на корневом и стоимость альтернативного порта

Обновите прошивку.
Также можете попробовать увеличить таймеры stp.