На прошивке 2.84.B35 описанного поведения с вашими настройками не наблюдаю - после изменений конфига сохранение происходит корректно.

Есть предположение из-за чего проблема возникнуть могла?
Или больше рыть в сторону хардварной проблемы?

Возможны проблемы хардварного характера.
Если есть возможность обращайтесь в сервис с указанием проблемы и допонительно уточнив, что обновление прошивки не происходит - стопорится на записи образа во флеш.

вот только при полном отключении всех линков, кроме того через которое я соединяюсь, прошивка проходит нормально
через свитч бегает примерно 6Mpps, не может проблема отсюда возникать?

Производительность коммутатора гораздо выше, так что вряд ли.