Проблема состоит в следующем:
Коммутатор отказывается загружаться с config.cfg если он был загружен через Tools->Download configuration, т.е. конфигурационный файл загружется в файловую систему, его можно указать как загрузочный, но при попытке загрузиться с него коммутатор сбрасывает все настройки по умолчанию. Так же загруженный конфиг нельзя сделать активным через Network Application->Flash File System Settings->Active выдается сообщение "No this config file!". config.cfg в ручную не исправлялся b был выгружен на компьютер через Tools->Upload configuration. Пробовал выгружать на комп новый кофиг - при загрузке происходит тоже самое.
Прошивка коммутатора 2.00.009.

1. Какой браузер использовали?
2. Если этот нерабочий конфиг выгрузить обратно на компьютер, он нормально выглядит? Никаких аномалий не наблюдается?

1. Использовал IE 8.
2. Заметил что каждый раз в конец файла добавляются закомментированые строки:
#------------------------------------------------------------------- ----
# End of configuration file for DES-3810-28
#-------------------------------------------------------------------

т.е. после нескольких выгрузок таких блоков становится несколько,
плюс после нескольких выгрузок/загрузок конфига в начальном заголовке закомментированом несколько строк было удалено

Не могу подтвердить, у меня всё нормально.
Попробуйте обновить Java или использовать другой браузер, например firefox