После загрузки и примерно минуты работы, CPU моргает 5 раз, перерыв опять 5 раз и тд. При этом оптические порты моргают так как будто идет обмен очень большим количеством трафика, хотя с другой стороны кабеля ничего не видно.
Может кто сказать в чем проблема?

У Вас лампочки мигают даже на отключенных портах?

нет, только когда подключаю оптический кабель через Mini GBIC, и только на нем.

А при подключении только двух компьютеров напрямую через коммутатор связь между ними есть на всех портах?

этого не проверялось, потому как мне нужны оптические порты, а с ними проблема.
Если это важно можно устроить проверку.

Да, и попробуйте зайти на WebUI, также уточните версию прошивки.