Сейчас стоит fw 5.01.B52, оба SFP гигабитных модуля IPCOM SM 3,3 км и 20 км работают отлично. Пробовал загрузится с 6.00.B25 - так модуль в 25 порту отказывается работать (медь не проверил). Со стороны 3526 линк светится - со стороны 3010G ничего несветится.
На других концах стоят DES3010G c такими же модулями.

Укажите пожалуйста аппаратную ревизию устройства и полное название SFP модуля. Вы после перепрошивки пробовали сбросить устройство к умолчальным настройкам и залить конфи заново?

Может проблема во вздувщихся кондерах на блоке питания? Неработа гибиков первый признак этого.. Особенно если перед перепрошивкой свитч имел долгий аптайм.