Возможно ли построить на 6004S следующую схему: соединить две аналоговые АТС внутренними линиями по трем портам, чтобы два офиса связать по местным линиям, а оставшийся порт на каждом отдать на подключение SIP-phone, для удаленной голосовой связи с офисами. И где ещё что-нибудь почитать можно, чтобы больше проникнуться, а то раньше с VoIP сталкиваться не приходилось, а жизнь заставила.

Начиная с конца:
Для того, чтобы связатся по SIP при наличии сети не нужно никакого оборудования. Достаточно софтового телефона (ну, если нужна железка, то можно поставить IP телефон)

У 6004 все порты имеют тип FXO, т.е. подключаются вместо телефонов (FXS порты изображают из себя АТС, т. е. гудят в линию). Поэтому ответ на первую часть -- да, можно двумя 6004 соединить внутренние линии разных АТС.

Не удается нигде найти почитать про настройку и примеры подключения шлюзов FXO-FXO и что-нибудь типа "VoIP для чайников", помогите пожалуйста с информационными ресурсами.

Мне пока не удается даже вроде бы элементарное, в локалке настроить в одной подсети чтобы софтфоном можно было позвонить на местный номер, сигнал вызова приходит на местный номер, при поднятии трубки тишина и отбой через двадцать секунд.

Надо логи смотреть. SLmonitor помогает (посмотрите здесь на ftp).
Проблема скорей всего с кодеками или сетью.

А настройка 6004-6004 ничем не отличается от 5004-6004, фак по которой есть на сайте длинка.