Можно ли как-то эти два коммутатора связать в одно целое, чтобы управлять портами для создания vlan?

Стек?
Single Ip Management?

Насколько я вижу 3100 не обладает функцией Single Ip Management
и тоже самое его не получится обьеденить в стек с 3500 или я не прав?
если не прав, то ткните пожалуйста носом.

Как я понял Вы хотите аппаратный стек. Это возможно в принципе только в пределах серии. Например DGS-31XX можно завязать между собой в аппаратный стек.

хорошо обьясните тогда не грамотному
как это сделать с моим оборудованием в теории?

С вашим - никак. Серии разные.

Есть ли какой то выход из этой ситуации?
может надо заменить какое-то оборудование?
планировалась следущая сеть:
в центре 3550
от него === в бухгалтерию на 24 порта 3100
=== в остальные отделы.
поэтому интересует что тогда можно использовать?

Тогда вам стекирование не нужно, просто соедините их кабелем.
И в ядро лучше гигабитный свич ставить.