В общем дело было всетаки в бабине. Класическая схема сделать клон конфигурации и включить в каждый старый VLAN через один порт новый VLAN(с таким же ID) получилась. И дело похоже не в прошивке как таковой, хотя за обновление 100% Спасибо Ивану!
Дело было всего лишь в том что arp-кэш обновляется достаточно долго, и лучше всего делать команду "clear" в консоли или телнете на новом свиче. Это то и вводило в заблуждение, при подключении, а потом изменении конфигурации долго нет конекта, пока арп-кэш не прогруиться, команда "clear" существенно ускоряет процесс. Это можно кстате в ФАКе прописать где-нибудь.
Всем спасибо, тема закрыта!
п.с.
В теорию нужно верить до конца.
