Есть два DI-804HV соединяющих по vpn две сети.
Из одной можно просматривать и редактировать содержимое папок на компах другой сети.
А из другой можно только просматривать папки, но вложенные уже
нельзя и редактировать ничего нельзя, на компах второй сети.
Вроде две идентичные сети, что может быть?

Общий доступ к файлам и папкам с той стороны случайно не закрыт файрволом?

В том то и дело, что нет.
Правда в той сети стоит один комп с server 2003, но в на нем нет
AD.

Он в домене?