Имеется офис и магазин, соединены VPN ESP тунелем, соединение проводилось вот по этой статейке: http://www.tayle.com/documents/27_10_03.php.
Оборудование в офисе DI-808HV, в магазине DI-804HV.
Подсеть в магазине 192.168.2.0, в офисе 192.168.1.0.
Из магазинной сети пинг до сервера с MSSQL (192.168.1.1) проходит, правда изначально не проходил, поскольку шлюз по умолчанию не через DI-804, решилось добавлением маршрута.
Собственно проблема: при попытке регистрации в Enterprise Manager SQL сервера в магазине аналогичного сервера в офисе ничего не получается, говорит, что сервер не существует.

Возможно опрос идёт по широковещательным запросам. Слишком мало информации. Если есть тунель, то трафик будет идти...

Туннель есть, пишет established, но ничего не получается. Какая информация еще нужна? Что нужно, чтобы проходил широковещательный трафик?

Нужно знать как работает это самы сервер.
Чтобы работал широковещательный трафик нужно поставить галку Enable NetBIOS.
Но не факт, что у MSSQL работает по широковешательному трафику.
Самая основная прошивка это непрописанные маршруты, проверьте маршруты.

Но ведь пинг проходит, значит с маршрутами все правильно.
Может быть надо еще чего-то включить, например PPTP? или прописать в файрволе?

Ничего не нужно. Если пинги ходят, то связь должна быть.
Т.к. с этими серверами я не работал ничего подсказать Вам не смогу.

Для работы нужны только эти порты
ms-sql-s 1433/tcp Microsoft-SQL-Server
ms-sql-s 1433/udp Microsoft-SQL-Server
ms-sql-m 1434/tcp Microsoft-SQL-Monitor
ms-sql-m 1434/udp Microsoft-SQL-Monitor

UDP и TCP пакеты стопроцентов ходят без проблем. ИМХО стоит искать проблему в настройке сервера.

Вот эта строка что может означать в файрволе:
Deny Default *,* LAN,* *,*
не запрещает ли она доступ из инета, или на туннель эти настройки не распространяются?

Нет, туннель в устройстве прозрачный и задавать не него правила не получится, следовательно правила FW на него не действуют.