Все гораздо прозаичнее

Обратите внимание на надпись "Диск перегружен на 100%". Я обычно скачиваю на USB HDD, он довольно медленный. Так вот, в момент старта программы uTorrent либо запуска какого-нибудь "горячего" торрента (много сидов/пиров) у меня такая надпись наблюдается, и в эти моменты как раз происходит радикальное падение скорости.
Скорее всего, у вас слишком большое количество торрентов для вашего диска. Причем даже не обязательно 100%, достаточно того, чтобы эта надпись вообще появилась, даже с 20%, в уторренте уже начинаются тормоза.
Спросите, почему такими волнами? Очевидно, затык HDD приводит к падению трафика. При этом нагрузка на HDD уменьшается, и он разгружается. Торренты перестают тормозить и друг другу мешать. Как только HDD начинает успевать читать/писать все, что уторрент ему говорит, трафик опять возрастает. Нагрузка на HDD также возрастает, и опять случается затык. Снова падение трафика, и далее по циклу. У меня наблюдается такое же волнообразное поведение.
Можно решить это только одним путем - уменьшить нагрузку на HDD, т.е. уменьшить число активных торрентов (пусть даже только на раздачу).