Суть проблемы в том, что после того как я включаю AnnexM модуляцию она примерно через месяц выклюается, о чём я узнаю благодаря обрывам связи.
Модель DSL-2500U/BRU/D
H/W ver: D2, F/W: RU_1.20

Перепрошить не получается - пишет "не удалось загрузить файл" или что-тов этом роде

Перепрошивать только из "Internet Explorer".

_________________
Использую DSL-G804V в качестве Ethernet-маршрутизатора.

Для процедуры перепрошивки используйте браузер Internet Explorer или Mozilla Firefox.
Убедитесь также что используете правильный образ прошивки (для Вашего модема актуальна прошивка RU_1.58).

Поясните, как Вы обнаружили что AnnexM модуляция выключается? На странице веб-интерфейса отсутствует соответствующий флажок?
Убедитесь что Вы не забыли выполнить Tools > Managemet > Save/Reboot после внесения изменений в конфигурацию модема.

В определённый момент интернет начал вылетать через каждые 2 минуты. Я полез в настройки и заметил что AnnexM не отмечен.
С тех пор уже не один раз начинались сбои, которые были результатом самопроизвольного отключения настройки.
Managemet > Save/Reboot не нажимал, так как кнопка Save/Reboot есть непосредственно на странице настроек.

Там кнопка Save/Apply.

Сделайте так, как посоветовал Alexander Gorelik