Удаляю все шары из network access list, а после ребута они опять там.
Total Drive(s): 2

--------------------------------------------------------------------------------

Volume Name: Volume_1
Volume Type: RAID 1
Sync Time Remaining: Completed
Total Hard Drive Capacity: 489326 MB
Used Space: 38 MB
Unused Space: 489288 MB

В чем причина?

Какие именно "все"? Стандартные могут восстанавливаться после ребута, например...

Были созданы 2 папки в Volume1 и расшарены+Volume1 и Volume2 тоже были расшарены. Каждая шара для разных пользователей, Volume1 для ALL. Пользователи были удалены, созданы новые. Шары также были все удалены и созданы новые. Volume1 был RAID1(2HDD) Volume2 был RAID1(2HDD). Нижние 2 HDD вытащил, соответственно остался Volume1(RAID1). Новые шары и юзеры были созданы после удаления Volume2. После ребута появляются старые шары, вновь созданные исчезают, но папки от новых шар на Volume1, от старых - нет. Новые юзеры есть, старых нет. Вот как.

Сперва думал может из-за RAIDа че-нибудь(раньше не устанавливал).
В Sync Time Remaining показывал время, но я подождал пока не стало: Sync Time Remaining: Completed и потом все действия произвел заново - не помогает. Sync Time Remaining - это оставшееся время "зеркалирования"?

Прошивка какая?
Ресет не помогает?
Sync Time Remaining - да.

Понял из-за чего происходит: smb.conf измененный копируется вместо "по-умолчанию", ну и соответственно оттуда и шары вылазят.
А тогда как же сделать так, чтобы smb.conf после ребута был с настройкой security=user и в тоже время шары оставались, которые были до ребута?
Пока что буду использовать вариант: после изменения шар копировать smb.conf туда откуда он копируется после ребута.

А, ну естественно. Если в фанплаге указали менять стандартный конфиг, то любые изменения нужно записывать в бекап, из которого он каждый раз возвращается.

Как это в бекап записывать?

Епт.
Вы в funplug добавляли команду для копирования файла smb.conf с винта в /etc/samba/ после каждой перезагрузки?
Вот там, откуда оно копируется, и нужно делать все изменения по добавлению шар и т.п.