Есть Server 2003, недавно приобрел Dir-300. Все настроил. Пользователь через VPN подключаются, но проблема в том что они не видят расшаренные папки. Подскажите, это настройки Windows Server 2003, или роутера не позволяют видеть папки.?

Позволяют. Через VPN не работают NETBIOS имена. Все сетевые папки на сервере проще всего подключить сетевыми дисками со стороны клиента, а не лазить по ним через сетевое окружение.