Ввожу данные, кликаю Apply, роутер перезагружается, а в статусе настройки не появляются.

В статусе настройки не появляются потому, что роутер не может подключиться к pptp серверую приведите логи со страницы Status->log

На компе скриты выполняются по разрешению (вручную) да/нет.

При этом странно ведет себя web-интерфейс настроек DI-604
и в 3.20 и в 3.21 тоже самое.
Например, логин и пароль спрашивает через раз. т.е Не всегда когда заходишь на 192.168.0.1 надо вводить пароль и логин.
Или - делаю установку DHCP Server disable. Иду дальше и вручную прописываю адреса для двух MAC адресов сетевушки и SIP-телефона DPH-120S. Кстати почему-то в выпадающем списке видимых устройств их нет. И приходится MAC-адрес вписывать вручную.
Потом ОК, пишется перезагрузка, на все предложения выполнить скрипты я отвечаю "Да", после перезагрузки, ВИжу, опять DHCP Server - Enable, внизу, там где статик IP я только что прописывал пусто. На вкладке статуса - тоже самое старое "DHCP Enabled"
Если снова ввести статик для одного хотя бы компа, после перезагрузки в список может появиться и там будут оба (телефон тоже) хотя я его второй раз не писал и видимо где-то в памяти он остался. Но почему-то не всегда страница с актуальными настройками открывается.
Еще. Скажите, есть ли еще варианты настройки кроме web-интерфейса, типа прямой ввод из командной строки...???

Нет

Попробуйте просто разрешить скрипты - думаю всё должно заработать нормально. Также - не пользуйтесь для настройки Оперой - она выдаёт странички из кэша и изменения не отображаются.