Имеется основной офис, (Win2003 ent, Isa2004 St ).
Открывается филиал.
Для доступа к базе 1С, используется VPN+Подключение к удаленному рабочему столу, все это работает. Вместо того, чтобы использовать подключение к VPN на каждой машине, хочу использовать "железное решение".
Чтобы так сказать "железное решение" устанавливало связь с основным офисом

Что можете посоветовать?

Используйте ISec для связи ISA--DFL(например 210)
Канал получается шифрованый, рабочий стол не требуется. Бухгалтерии достаточно указать пусть к базе

Такая схема будет работать?

PC 3, PC 4, PC 5 должны заходить на File Server и Server 1C

Тут всё зависит от провайдера. Если он пускает ESP/IKE протоколы, то туннель создастся, что уже пускать по нему это вы решаете. В Вашей схеме есть две особенности
1) адресация в ломальной и удалённых сетях должна быть разная
2) ISA должна принимать соединения от "серых" сдресов. Другими словами пришелдий пакет и Remote_ID в такой схеме будет отличатся. И тут всё зависит от настройки ISA/