Имеются два компьютера, нутбук и настольный, настольный подключен к роутеру через кабель, ноутбук по WiFi, каким образом можно организовать локальную сеть между ними, но таким образом, чтобы эта локальная сеть не имела никакого отношения к локальной сети провайдера, через который выходят в интернет оба компьютера.
Я в этом мало что понимаю, объясните пожалуйста подробно.

Подробно не получится, но суть в следующем
1. Ваша локальная сеть будет работать независимо от общей
2. Интернет будет присутсвовать на всех компьютерах

Ну так и как это реализовать? Хотябы чтобы можно было только файлы передавать с одного компьютера на другой.

Это уже настройка опереционной системы.
Тут я Вам не помошник, т.к. ниразу такого не делал.