Комм имеет модуль расширения- два гигабитных порта под витую пару. Если оба порта включены на гигабитной скорости то один из них начинает вести себя очень странно: скорость определяется правильно, но начинают теряться пакеты и реальная скорость падает до... В службе поддержки сказали, что надо сделать перепрошивку, но в остальном он ведет себя отлично! (кабель проверял, пробовал на двух разных подключениях)

Ммм... такой немножко наивный вопрос, а вы собственно прошивку обновлять, как вам посоветовали, пробовали?
Имею аналогичную конфигурацию с постоянной хорошей загрузкой по гигабиту - полёт нормальный.