допустим к порту 1 подключен сервер (192.168.0.1)
порт 1 входит в влан1, который имеет ip 192.168.0.250

к порту 2 подключена рабочая станция (192.168.2.50)
порт 2 входит в влан2, который имеет ip 192.168.2.5

разрешающий acl что бы рабочая станция "увидела" сервер на порту клиента

нужно разрешить:
destination 192.168.0.1

а нужно ли разрешать на порту клиента destination на 192.168.2.5 и 192.168.0.250, т.е. на интерфейсы коммутатора?

В этом случае ничего не нужно разрешать. Просто укажите шлюзом по умолчанию для соответствующих хостов IP-интерфейсы коммутаторы в этих подсетях.