Есть роутер с двумя портами.
Но роутера все порты с одинаковыми mac-адресами.

Так если два порта соединииь с двумя портами коммутатора, коорые будут назначены в разные вланы, и далее эти вланы будут уходить в транк скажем, то будет ли такая схема работать, не будет ли коммутатор назначать через раз то одному порту мак адрес роутера, то другому, в результате работать можно будет только по очереди?

Если это не совсем чудесатый коммутатор, то работать будет.
Хэш в нормальных коммутаторах содержит некоторое количество бит вилана (в зависимости от количества поддерживаемых коммутатором виланов) и некоторое количество бит МАС-адреса.

спасибо, меня интересуют свичи
des-3624
des-3226
des-3326

на DES-3226s работает точно, остальных у меня не было.