Сложилось так, что у нас практически вся сеть построена на DES-1226G(H/W B1) и DES-1250G, в итоге все они коммутируются на 3312SR. Ситуация такая: в общем физическом пространстве созданы подсети 192.168.1.х, 192.168.3.x, 192.168.5.х - логически в принципе они разделены, однако есть необходимость аппаратно запретить им доступ друг к другу - как я понимаю всё это реализуется созданием Vlan, однако у 1250G метка подсети едина для всего физического пространства, что касается 1226G (H/W B1) нет ясности (внутри коммутатора V-lan есть, а в физической сети - вне коммутатора - метки виртуальной сети передаются? ) То есть реально надо создать две дополнительных Vlan (2 и 3) - будут ли они функционировать при таком аппаратном построении?

Так давайте по порядку DES-1226G rev.B1 поддерживает 802.1q, следовательно умеет работать с метками. Какая у Вас аппаратная ревизия DES-1250G?

DES-1250G - H/W ver. A1 прошивка заводская, то же и у 1226 (как я понимаю на них есть прошивки посвежее)

С DES-1226G проблем нет перепрошиваете коммутатор прошивкой 3.00.13 с поддержкой 802.1q. А вот DES-1250G поддерживает 802.1q VLAN с ограничениями - могут быть проблемы.

В чём будут ограничения, по большому счёту необходимо три Vlan в едином физическом пространстве - в чём будут ограничения в 1250G?

Пришлите логическую схему вашей сети. Особенно подключения серверов.