Есть 2 здания по 20 этажей, на каждом этаже по своей подсети 10.100.1.Х подключена в порт 1 , 10.100.2.х подключена в порт 2 и т.д. Во втором здании тоже самое, в каждом из них стоит DES-3526 которые соеденены 26ми портами по оптоволокну. В 1 здании 25 порт смотрит в интернет.
Нужно чтобы каждая подсеть видела только туже подсеть в другом здании и имела выход в интернет. Как правильней это реализовать?

Только на основе VLAN. Добавляете пользовательские (порты, к которым подключены сегменты) как untagged каждый в свой VLAN (соответственно одинаковые подсети на разных коммутаторах в один VLAN), а магистральные порты как tagged во все VLAN.