Есть сабж, к 51 и 52 порту которого подключены магистрали. Если я подключаю к 49F оптический модуль, то связь по 51,52 теряется. Можно-ли этого избежать, и как это сделать?

Какие настройки произведены на коммутаторе?
На стенде я ситуацию подтвердить не могу - 49й оптический порт поднят, трафик ходит между 51 и 52 портом свободно

Кроме назначения адреса устройству и создания 2-х вланов, никак не затрагивающих 49-52 порты, никаких.

Попробуйте обновить прошивку. Если не поможет - обратитесь в сервис для диагностики.