Протестировал на стенде.
На коммутаторах установлены Stack_id 1(master),4,5
Обновление с 3.60.28 на 3.60.44 происходило следующим образом.
Выполняется загрузка прошивки командой download firmware, затем проверяется командоый show firmware information что при следующей загрузке будет загружена новая версия прошивки (image отмечен значком *).
Стек перегружается командой reboot.
После перезагрузки все участники стека имеют установленные ранее Stack_ID, конфиг не сбросился, стек функционирует.



К сожалению у меня не было под рукой ревизии B1, тестировал на другой.
По поводу потерь. Как вариант - у вас неисправен HDMI кабель, попробуйте заменить его на другой. По словам разработчиков, лучше использовать именно кольцевую топологию - это позволит увеличить производительность.

BootLoader лучше устанавливать везде одинаковый - однако, как видно из моего теста, прошивка завелась и при таких условиях.
Обновите прошивку и проверьте правильность подключения стека - чтобы 1й порт смотрел во 2й порт и так по кругу.