Проблема в следующем, после ребута (с сохраненными настройками) на DES-3828 перестают работать
гигабитные порты, т.е. идикатор активности моргает, а порты будто "висят". Приходиться удалять порт из Vlan'а и заново добавлять, после этого всё ОК. Это глюк или наши кривые руки?

Укажите, пожалуйста, версию прошивки на коммутаторе.
Приведите номер проблемного порта и вывод следующих команд (отдельно до и после перезагрузки):
sh vlan
sh gvrp
sh fdb port <проблемный порт>

Проблемы на портах 25,26,27 (в 25 SFP модуль)

До перезагрузки:

Firmware: Build 4.50.B18

DES-3800:admin#sh vlan
Command: show vlan

VID : 1 VLAN Name : default
VLAN TYPE : static Advertisement : Disabled
Member ports : 28
Static ports : 28
Current Tagged ports :
Current Untagged ports : 28
Static Tagged ports :
Static Untagged ports : 28
Forbidden ports :

VID : 2 VLAN Name : ************
VLAN TYPE : static Advertisement : Disabled
Member ports : 9,25
Static ports : 9,25
Current Tagged ports : 9
Current Untagged ports : 25
Static Tagged ports : 9
Static Untagged ports : 25
Forbidden ports :

VID : 3 VLAN Name : vlan_1
VLAN TYPE : static Advertisement : Disabled
Member ports : 1-6,9,22,26
Static ports : 1-6,9,22,26
Current Tagged ports : 9
Current Untagged ports : 1-6,22,26
Static Tagged ports : 9
Static Untagged ports : 1-6,22,26
Forbidden ports :

VID : 4 VLAN Name : vlan_7
VLAN TYPE : static Advertisement : Disabled
Member ports : 7-10,12-14
Static ports : 7-10,12-14
Current Tagged ports :
Current Untagged ports : 7-10,12-14
Static Tagged ports :
Static Untagged ports : 7-10,12-14
Forbidden ports :

VID : 5 VLAN Name : vlan_5
VLAN TYPE : static Advertisement : Disabled
Member ports : 9,15-19
Static ports : 9,15-19
Current Tagged ports : 9
Current Untagged ports : 15-19
Static Tagged ports : 9
Static Untagged ports : 15-19
Forbidden ports :

VID : 6 VLAN Name : vlan_3
VLAN TYPE : static Advertisement : Disabled
Member ports : 9,23
Static ports : 9,23
Current Tagged ports : 9
Current Untagged ports : 23
Static Tagged ports : 9
Static Untagged ports : 23
Forbidden ports :

VID : 7 VLAN Name : vlan_4
VLAN TYPE : static Advertisement : Disabled
Member ports : 9,25
Static ports : 9,25
Current Tagged ports : 9,25
Current Untagged ports :
Static Tagged ports : 9,25
Static Untagged ports :
Forbidden ports :

VID : 9 VLAN Name : Vlan_9
VLAN TYPE : static Advertisement : Disabled
Member ports : 9,11,24
Static ports : 9,11,24
Current Tagged ports : 9
Current Untagged ports : 11,24
Static Tagged ports : 9
Static Untagged ports : 11,24
Forbidden ports :

VID : 12 VLAN Name : inet
VLAN TYPE : static Advertisement : Disabled
Member ports : 11,21
Static ports : 11,21
Current Tagged ports : 11
Current Untagged ports : 21
Static Tagged ports : 11
Static Untagged ports : 21
Forbidden ports :

Total Entries : 9

DES-3800:admin#sh gvrp
Command: show gvrp

Global GVRP : Disabled

Port PVID GVRP Ingress Checking Acceptable Frame Type
------ ---- -------- ---------------- ---------------------------
1 3 Disabled Enabled All Frames
2 3 Disabled Enabled All Frames
3 3 Disabled Enabled All Frames
4 3 Disabled Enabled All Frames
5 3 Disabled Enabled All Frames
6 3 Disabled Enabled All Frames
7 4 Disabled Enabled All Frames
8 4 Disabled Enabled All Frames
9 4 Disabled Enabled All Frames
10 4 Disabled Enabled All Frames
11 9 Disabled Enabled All Frames
12 4 Disabled Enabled All Frames
13 4 Disabled Enabled All Frames
14 4 Disabled Enabled All Frames
15 5 Disabled Enabled All Frames
16 5 Disabled Enabled All Frames
17 5 Disabled Enabled All Frames
18 5 Disabled Enabled All Frames
19 5 Disabled Enabled All Frames
20 1 Disabled Enabled All Frames
21 12 Disabled Enabled All Frames
22 3 Disabled Enabled All Frames
23 6 Disabled Enabled All Frames
24 9 Disabled Enabled All Frames
25 2 Disabled Enabled All Frames
26 1 Disabled Enabled All Frames
27 1 Disabled Enabled All Frames
28 1 Disabled Enabled All Frames

Total Entries : 28

DES-3800:admin#sh fdb port 25
Command: show fdb port 25

VID VLAN Name MAC Address Port Type
---- ---------------- ----------------- ------ ----------------
2 ********* 00-04-61-4B-4D-47 25 Dynamic
7 vlan_4 90-E6-BA-E1-CD-FB 25 Dynamic

Total Entries : 2

DES-3800:admin#sh fdb port 26
Command: show fdb port 26

VID VLAN Name MAC Address Port Type
---- ---------------- ----------------- ------ ----------------
3 vlan_1 00-02-55-53-EA-DA 26 Dynamic

Total Entries : 1

Перезагрузить не могу, т.к свитч головной и обрубать инет ~1000 абонентам

У Вас pvidы на портах неправильные. Перенастройте и сохраните конфиг.

А ещё запросите последнюю прошивку на этот коммутатор и обновитесь, проблема с pvid исчезнет.