В течении нескольких часов в логах светилась надпись. судя по графикам соседних свитчей трафик на него ходил как обычно, но при это он не откликался на snmp. анализ провести не было возможности, т.к. зафиксировали лишь утром по логам.

%BRG_FWD-W-BRG_FWD_TBL_OVERFLOW: Bridge forwarding table overflow

С чем это есть?

PS: при обычно работе fdb таблица составляет примерно тысячу маков.
Boot PROM Version : 1.0.0.04
Firmware Version : 2.00.47

За все время общения с оборудованием D-Link такое вижу впервые. Соседние свитчи ничего в это время не говорили. Думаю, если бы был arp-шторм, то они бы тоже прикурили.

Выслал Вам прошивку, попробуйте с ней.