замечу еще что все направления с циски воткнуты в комбо порты D-linkов.
а на 3100-24tg не комбо порт, а просто оптический

Может это как-то связано?!?

Маловероятно. Вы можете проверить ситуацию между двумя устройствами D-Link?
По понятным причинам у нас нет под рукой коммутатора Cisco 6509.

Когда соединяем циско и 3100-24tg. D-link пишел что flowcontrol включен и работает. Циска при этом говорит что они не могут согласовать.
Когда соединяешь два d-linka. Они оба пишут что flowcontrol включен и работает. Но как по факту неизвестно. Как нибуть можно посмотреть информацию о паузах при передачи?

Может есть какая нибудь команда?

Команд нет.

Тогда я с увеностью не могу сказать, что flowcontrol работает между dgs 3100-24tg и другими коммутаторами d-link.

Какие проблемы в вашей ситуации вызывает выключение flow control?

при выключенном flowcontrol, в часы наивысшей нагрузки порядка 700-800 Мб наблюдаются ошибки на портах в виде Drop Pkts. За день набегает порядка 30000 ошибок. Это число варьируется в зависимости от прокачки. Это наблюдается на всех направлениях где установлены 3100-24tg. При этом, как я уже писал, если заменяешь коммутатор на 3120-24ts с включенным flowcontrol, ошибки проподают.

Приведите счетчик