Попробую частично ответить простым и понятным языком.
fun_plug нужен для любого добавления софта в NAS. Это неофициальный аналог autoexec.bat для прошитой в NAS Linux. При старте она ищет в корне диска файл с этим именем и запускает его на исполнение. Следовательно, файл должен иметь разрешение на исполнение (ну, и на редактирование, естественно). Первоначально (пока нет telnet) это разрешение из-под Windows проще всего дать, зайдя на NAS по ftp (с помощью Total Commander, например). Для этого в веб-интерфейсе нужно создать пользователя со всеми правами и разрешить ему доступ в корень диска (root). Потом зайти на NAS по ftp и поменять атрибуты fun_plug на 777 (полный доступ). Теперь можно будет его редактировать (помня про юниксовый перевод строки!), добавляя вызов нужных программ.
Обычно для начала устанавливают какой-нибудь стандартный откомпилированный пакетик, включающий в себя telnet, и fun_plug, отредактированный под этот пакетик. Установку пакета проводят согласно прилагаемой инструкции: либо прямо в корень диска, либо в каталог, созданный в корне диска. Точно так же поступают со всеми следующими программами, добавляя в fun_plug их вызов. Не забывая ставить нужные разрешения (неважно уже, чем: ftp или telnet).
Вот (вкратце) всё, что нужно знать об этом деле
По упомянутым конкретным приложениям ничего не скажу: использую mldonkey, которым управляю с помощью Sancho.