В настройках VLAN (default) отключили все порты коммутатора. Теперь подключиться через любой порт из браузера для администрирования не получается. Каким образом можно подключиться к коммутатору ? Через COM порт ? Что для этого нужно ?

Да, через консольный порт. Настройки написаны около порта. Следует использовать входящий в комплект консольный кабель и любую терминальную программу, например, Hyper Terminal.

Если отключили все порты, то как смогли сохранить конфигурацию?
Если не смогли сохранить конфигурацию, то проблема лечится перезагрузкой свитча. Просто вынуть питание и воткнуть. После чего он забудет все последние несохраненные изменения.