При рассмотрении файла конфигурации, выгруженного из свича обратил внимание на некоторые отклонения в оформлении. Хотелось бы узнать, насколько это принципиально и насколько вообще необходимо жестко
придерживаться правил в написании?

1. Почти все строки начинаются с CR (возврата каретки), но в секции
IP-BIND они им кончаются, а config bandwidth_control не содержит их ни в начале, ни в конце.

2. config ports 1 speed auto flow_control
между auto и flow_control почему то везде по два пробела, тогда как
во всех остальных случаях один. Аналогично в некоторых описаниях
snmp.

Желательно придерживаться таких же правил - т.е., если что-то исправляете в строке форматирование не менять. Добавлять строчки в конфигурацию лучше через CLI

Через CLI файлы конфигурации править черевато и неудобно.

Черевато поскольку существуют неявные изменения в конфигурации:
прибил VLAN - обнулилсь PVID на портах, которые в него входили - свич
без тени сомнения пишет в конфиг эти нули, а при загрузке заявляет,
что PVID=0 присвоить не может.

А неудобно поскольку есть 5 свичей 35xx и прогонять все одинаковые
секции через каждый каждый раз ?

Тогда правьте в соответствии с существующим в файле конфигурации форматом