Подскажите плз, на каком железе (имеется ввиду сами камеры)
и с каким софтом лучше всего организовать видеонаблюдение
большого кол-ва точек (в моем случае более 40)?
Под рукой есть только DCS-2000, но у нее софт держит только
до 16 камер, мне этого мало!

Если на IP камерах, то железо по вкусу/бюджету - сечас выбор большой у длинка и не только. Пользую софт go1984, там явного ограничения по камерам нет, у меня сейчас крутится на одной машине 18 IP + 1web usb, главное, что бы комп позволял.

Она знает только DSC-1000, поэтому вывдить звук от камер через нее не получиться, или я неправ? И вообще формат у DSC-1000 MGPEG, а у DSC-2000 MPEG-4 - тут граблей не будет?

Звук, насколько я знаю, только через фирменный софт, по поводу MPEG-4 в go1984 обещали реализовать - посмотрите ихний FAQ - сам камеры пользую DSC-900, Planet, Trendnet, AXIS + USB, почему зоопарк - не устраивало цена/качество картинки. А так в одном флаконе. Просто для видео пользую самописный софт.

Прошу прощения, конечно имелось ввиду DCS

Например, прочти здесь:
http://www.dlink.ru/phorum/viewtopic.php?t=10537